当你完成一周目成为冠军后，口袋妖怪究极绿宝石的二周目便正式开启。游戏开始时你会在家中醒来，下楼与父母对话，父亲会给你一张船票作为关键道具。紧接着博士会前来找你，协助将你的图鉴升级为全国版本，这不仅扩展了可收集的精灵种类，还开放了通信交换功能让你能获取更多地区的精灵。
拿到船票后，你需要前往凯那市乘坐船只抵达水静市，在这里会遇到亚西达并获取第二张船票，随后就能前往对战开拓区展开新挑战。对战开拓区包含多个设施如对战塔、对战巨蛋和对战宫殿，每个设施都提供不同的战斗模式，例如单打或双打比赛，通过连续获胜可以积累对战点数，这些点数能用于学习强力技能或交换稀有物品。
建议优先选择速度较快的精灵参与战斗，并注意保存游戏进度以应对可能遇到的强力对手。部分设施如对战工厂允许你从提供的精灵中选择队伍，合理搭配属性和技能能显著提升胜率，而遇到神兽队伍时，适时调整策略或强化精灵后再挑战会更顺利。
二周目还新增了更多可捕捉的精灵，例如红蓝水都等稀有品种，你可以通过全国图鉴在全地图探索并收集它们。对战点数能在特定地点换取如龙之舞或闪焰冲锋等高阶技能，帮助你的精灵队伍在战斗中发挥更强实力，部分区域还隐藏着特殊剧情和道具等待发掘。
二周目的对手强度普遍较高，许多训练师会使用神兽或特殊组合，因此持续优化队伍配置和技能搭配是保持竞争优势的关键。
